Inicia el 22 de septiembre de 2004, y culmina el 18 de mayo de 2005. Consta de 22 
episodios, y continúa tres meses después del final de la Tercera Temporada. Lois Lane llega 
a Smallville para investigar quién es el responsable de la muerte de su prima Chloe y 
encuentra a Clark con amnesia y desnudo en el campo luego de que un rayo los impactara. 
Clark está a punto de iniciar una "cruzada" bajo el control de Jor-El, pero Martha frustra 
sus planes y Jonathan despierta del coma. Lois y Clark descubren que Chloe está viva y la 
rescatan. Esta temporada trata principalmente sobre la búsqueda de las misteriosas Tres 
Piedras de Poder y el regreso de Lana después de un suceso en París, y con un nuevo novio, 
Jason Teague.

Comienza el 29 de septiembre de 2005, y termina el 11 de mayo de 2006. Consta de 22 
episodios, y a partir de esta temporada la serie cambia de concepto y deja de ser una 
típica serie juvenil para convertirse en un show con más efectos especiales y más sorpresas 
que deslumbra a los espectadores. Gracias a la unión de las Tres Piedras, se forma la 
Fortaleza de la Soledad, donde Clark debe ser entrenado, pero decide rechazar a su padre. 
Clark descubre que Chloe conoce su secreto y la convierte en su confidente. Lana conoce a 
dos kriptonianos cuyo propósito es destruir, y Lex empieza a cambiar de personalidad; al 
descubrir la nave que le describió Lana, hace algunos experimentos con ella, sin saber que 
emerge un misterioso ser kryptoniano llamado Milton Fine, cuya meta es relacionarse con 
Clark para liberar a un peligroso villano llamado Zod

Inicia el 27 de septiembre de 2007 y culmina el 15 de mayo de 2008. Consta de 20 episodios, 
debido a la inesperada Huelga de Guionistas. Continúa unos pocos minutos después del final 
de la Sexta Temporada, cuando Clark vence a Bizarro temporalmente, y se conduele por la 
"muerte" de Lana. Esta temporada se concentra en la primera aparición de Kara, prima 
kriptoniana de Clark, quien al parecer llegó justamente el día de la lluvia de meteoritos 
junto con Clark, pero su nave cae al agua, y por eso estuvo en animación suspendida durante 
19 años. Se descubre que Lana está viva y regresa a Smallville,